重庆市有维管植物153科，640属，6000多种，其丰厚程度仅次于云南、四川而居全国第三，有各类经济植物5000种以上。按其经济用处，可分为药用植物、油脂植物、芳香植物、鞣料植物、染料植物、淀粉及糖料植物、纤维植物、野生观赏植物和野生食用菌等类。重庆市散布有国家一级重点保护野生植物9种，首要有珙桐、银杉、红豆杉、南边红豆杉、伯乐树、水杉等；国家二级重点保护野生植物40种，首要有楠木、香樟、鹅掌楸、连香树、金毛狗等；重庆市重点保护野生植物46种，首要有荷叶铁线蕨、巴山冷杉、崖柏、缙云黄芩、金佛山兰等。
重庆市是我国重要的中药材产地之一，大面积山区成长的野生和人工扶植的中药材有黄连、白术、金银花、党参、贝母、天麻、厚朴、黄桕、杜仲、元胡、当归等，石柱土家族自治县黄连产值居全国榜首，是闻名的“黄连之乡”。
重庆市北有大巴山，东有巫山，东南有武陵山，南有大娄山。重庆主城区海拔高度多在168～400米之间。市内最高峰为巫溪县东部边际的界梁山主峰阴条岭，海拔2796.8米；最低为巫山县长江水面，海拔73.1米。重庆海拔高差2723.7米。境内山高谷深，沟壑纵横，山地面积占76%，丘陵占22%，河谷平坝仅占2%。其间，海拔500米以下的面积3.18万平方千米，占版图面积38.61%；海拔500～800米的2.09万平方千米，占版图面积的25.41%；海拔800～1200米的1.68万平方千米，占版图面积的20.42%；海拔1200米以上的1.28万平方千米，占版图面积的15.56%。
重庆市地形由南北向长江河谷逐级下降，西北部和中部以丘陵、低山为主，东南部靠大巴山和武陵山两座大山脉，坡地较多，有“山城”之称。总的地形是东南部、东北部高，中部和西部低，由南北向长江河谷逐级下降。