一旦引发田地大火，往往很难控制，造成经济损失。尤其是在山林附近，后果更是不堪设想。每年因秸秆焚烧而引发大火甚至山岭火灾损失的案例屡见不鲜。
污染大气环境，影响身心健康。农作物秸秆中含有氮、磷、钾、碳氢元素及有机硫等。特别是刚收割的秸秆尚未干透，经不完全燃烧会产生大量氮氧化物、二氧化硫、碳氢化合物及烟尘，在阳光作用下还可能会产生二次污染物臭氧等。
秸秆焚烧还会导致土壤板结，并不能肥田。地表中的微生物被烧死，腐殖质、有机质被矿化，田间焚烧秸秆破坏了这整套生物系统的平衡，改变了土壤的物理性状，加重土壤板结，破坏了地力，加剧干旱，农作物的生长因而受到影响。
对违法焚烧农作物秸秆的，依据《中华人民共和国大气污染防治法》第一百一十九条规定，由县级以上地方人民政府确定的监督管理部门责令改正，并可以处500元以上2000元以下的罚款。
故意焚烧农作物秸秆，致使森林、林木受到毁坏的，依据《中华人民共和国森林法》第四十四条规定，依法赔偿相应的损失；由林业主管部门责令停止违背法律规定的行为，补种毁坏株数一倍以上三倍以下的树木，可以处毁坏林木价值一倍以上五倍以下的罚款。
在道路两侧焚烧秸秆，影响道路交互与通行安全活动的，依据《中华人民共和国道路交互与通行安全法》第104条规定，由道路主管部门责令停止违背法律规定的行为，并恢复原状，可以依法给予罚款；致使通行的人员、车辆及其他财产遭受损失的，依法承担赔偿相应的责任。有前款行为的，公安机关交通管理部门可以责令停止违背法律规定的行为，迅速恢复交通。
1.对在油库、加油站、液化气站附近焚烧秸秆，依据《中华人民共和国消防法》第63条第2项的规定，以“违反规定使用明火”处警告或者500元以下罚款；情节严重的，处5日以下拘留。
2.对焚烧秸秆导致火灾事故的，依据《中华人民共和国消防法》第64条第2项的规定，以“过失引起火灾”处10日以上15日以下拘留，可以并处500元以下罚款，情节较轻的，处警告或者500元以下罚款。
1.故意焚烧他人农作物秸秆，造成他人财产损失的，依据《中华人民共和国治安管理处罚法》第49条的规定，以“故意损毁财物”处5日以上10日以下拘留，可以并处500元以下罚款；情节较重的，处10日以上15日以下拘留，可以并处1000元以下罚款。
2.对拒不执行人民政府在紧急状态情况下依法发布的决定、命令的；对不听劝阻，故意焚烧农作物秸秆，阻碍国家机关工作人员依法执行职务的。有上述行为之一的，依据《中华人民共和国治安管理处罚法》第50条规定，处警告或者二百元以下罚款；情节严重的，处五日以上十日以下拘留，可以并处五百元以下罚款。
3.对在秸秆禁烧工作中，不服从管理，殴打、故意伤害、公然侮辱镇、村干部的，分别依据《中华人民共和国治安管理处罚法》第42条、第43条的规定，处5日以下拘留或者500元以下罚款，情节严重的，处5日以上10日以下拘留，并处罚款。
单位或者个人违反本法规定，不服从所在地人民政府及其有关部门发布的决定、命令或者不配合其依法采取的措施，构成违反治安管理行为的，由公安机关依法给予处罚。
1.对故意焚烧农作物秸秆引起火灾，致人重伤、死亡或者使公私财产遭受重大损失的，依据《中华人民共和国刑法》第115条规定，以放火罪处十年以上有期徒刑、无期徒刑或者死刑；过失犯前款罪的，处三年以上七年以下有期徒刑；情节较轻的， 处三年以下有期徒刑或者拘役。
2.对在秸秆禁烧工作中，以暴力、威胁方法阻碍国家机关工作人员依法执行职务的，依据《中华人民共和国刑法》第277条的规定，以妨害公务罪处三年以下有期徒刑、拘役、管制或者罚金。
①用机械将秸秆打碎，耕作时深翻严埋，利用土壤中的微生物将秸秆腐化分解。不但解决了农田中存留的秸秆，同时也能增加肥力，不过，秸秆分解同样是需要一定的时间，所以最好在收获后及时进行翻地工作，如果秸秆分解不到位，可能会影响农作物的生长。
②秸秆回田的有效方法是将秸秆粉碎后，掺进适量石灰和人畜粪便，让其发酵，在半氧化还原的环境里变质腐烂，再取出肥田使用。
将秸秆通过青贮、微贮、氨化、热喷等技术处理，使秸秆成为易于家畜消化、口感好的优质饲料。
将种植业、养殖业和沼气池有机结合起来，利用秸秆产生的沼气进行做饭和照明，沼渣喂猪，猪粪和沼液作为肥料还田。
将秸秆粉碎后，与其他配料科学配比作食用菌栽培基料，可培育木耳、蘑菇、银耳等食用菌，能有效地解决近几年食用菌生产迅猛发展与棉籽壳供应不足的矛盾。育菌后的基料经处理后，仍可作为家畜饲料或作肥料还田。
将秸秆晒干磨成粉，与废旧塑料混合，最终变成“木塑”材料，这是一种类似木头的新型环保建筑材料。木塑产品在日本、欧美早已普及，大范围的使用在制造木屋、亭子、椅子、电线杆甚至花盆等，国内也开始逐渐应用。据了解，北京奥运会就选用了木塑材料作为部分场馆和设施建设的专用材料。
将农田中的秸秆收集打捆，销售给秸秆加工厂或电厂。秸秆加工厂对秸秆进行粉碎后，利用机械设备挤压成型，形成固化颗粒，可代替煤炭做燃料用。电厂可通过秸秆直燃进行发电。
麦秆可拿来编草帽、可以编草墩、制作草雕等等，延伸秸秆产业链，促进秸秆原料化多元利用。